Im DZL arbeiten über 230 leitende Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler und deren Arbeitsgruppen aus 28 universitären und außeruniversitären Forschungseinrichtungen an fünf Standorten zusammen.

Organe des Vereins DZL sind der Vorstand, der Wissenschaftliche Beirat, die Geschäftsführung, die Kommission der Zuwendungsgeber und die Mitgliederversammlung. Die wissenschaftlichen und administrativen Aktivitäten des DZL werden durch die DZL-Geschäftsstelle in Gießen koordiniert. Die fünf dezentralen StandortkoordinatorInnen und deren MitarbeiterInnen arbeiten eng mit der Geschäftsstelle zusammen und unterstützen die Verwaltung des DZL. Zuwendungsgeber des DZL sind der Bund (90% der Mittel) und diejenigen Bundesländer (10% der Mittel), in denen die Partnerinstitute angesiedelt sind. Die finanzielle Abwicklung übernimmt das Fördermittelmanagement am Helmholtz Zentrum München in Kooperation mit den Standorten.