Ein Forschungsteam unter der Leitung von Dr. Malte Lücken, DZL-Wissenschaftler am Helmholtz Munich (DZL-Standort CPC-M) hat in der renommierten Fachzeitschrift Nature Methods einen Leitfaden zur Erstellung von Single-Cell-Atlanten veröffentlicht. Diese Atlanten sind essenzielle Werkzeuge, um die Vielfalt von Zellen in Geweben zu kartieren und ermöglichen neue Erkenntnisse in der biomedizinischen Forschung und Therapieentwicklung.
Dank der Single-Cell-RNA-Sequenzierung können Wissenschaftler:innen Gewebe auf zellulärer Ebene detailliert analysieren. In den letzten Jahren wurden zahlreiche Datensätze erstellt, die jedoch oft nur einen engen Fokus auf spezifische Fragestellungen legen. Um ein umfassenderes Bild der zellulären Vielfalt in Organen und zwischen Individuen zu erhalten, werden diese Daten in integrierten „Atlanten“ zusammengeführt.
Diese Atlanten dienen als Referenzwerke für die Gewebebiologie und liefern standardisierte Bezeichnungen für Zelltypen sowie wichtige Erkenntnisse für die Forschung. Allerdings unterscheiden sich die Ansätze zur Erstellung solcher Atlanten erheblich, was zu Qualitätsunterschieden führt. Hier setzt die neue Veröffentlichung an.
Der veröffentlichte Leitfaden bietet detaillierte Empfehlungen, wie Single-Cell-Atlanten erstellt werden können, die höchsten wissenschaftlichen Standards entsprechen. „Atlanten sind mehr als nur Datensammlungen – sie sind grundlegende Werkzeuge, die die Forschung vorantreiben“, erklärt Karin Hrovatin, Erstautorin der Studie. Ihre Co-Erstautorin Lisa Sikkema ergänzt: „Mit unserem Leitfaden möchten wir Forscher:innen weltweit unterstützen, hochwertige Atlanten zu erstellen und neue Möglichkeiten in der Gewebebiologie zu eröffnen.“
Die Studie betont auch die Bedeutung von Single-Cell-Atlanten für die internationale Zusammenarbeit. „Unser Ziel ist es, einen gemeinsamen Rahmen zu schaffen, der nicht nur Einzelstudien voranbringt, sondern die globale Forschungsgemeinschaft vereint“, so Dr. Malte Lücken, Seniorautor der Studie.
Quelle: Helmholtz Munich Researchers Publish Guide to Single-Cell Atlases
Originalpublikation:
Hrovatin K, Sikkema L, Shitov VA, Heimberg G, Shulman M, Oliver AJ, Mueller MF, Ibarra IL, Wang H, Ramírez-Suástegui C, He P, Schaar AC, Teichmann SA, Theis FJ, Luecken MD. Considerations for building and using integrated single-cell atlases. Nat Methods. 2025 Jan;22(1):41-57. doi: 10.1038/s41592-024-02532-y. Epub 2024 Dec 13. PMID: 39672979.